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动力问题：在目前的体制下争取支持，可以通过项目申报和与地方政府对共建公共技术研发平台获得经费支持，在纵向科研经费不足时更是对研究所财务一个重要的弥补；推动科研、开发、成果转化和产业化工作；培养综合素质管理人才；院地合作需要一个具有一定科研水平或技术开发背景，也要具有一定的市场分析和判断能力，还要求具有较全面的组织、协调和管理能力的人，所以，通过院地合作，客观上将培养研究所需要但又紧缺的综合性管理人才；满足一部分人事业发展的另一条通道；为那些可能在其他方面也具有潜力的人，以及那些想尝试自己创业的人提供了多种发展机会。
成本问题：作为独立法人，研究所的各项管理通过资金流会聚到财务管理的节点上，从资金流的角度看，财务管理仍是研究所管理的核心。开展院地合作的直接成本就是院地合作的各项支出费用。人力成本不仅指投入院地合作人员的薪酬，更包括科技人员因投入院地合作而不能投入其他工作所损失的机会成本，即当他投入其他工作时所能得到的最大收益。交易风险带来的成本，对大多数科技人员、科研人员出身的研究所领导及职能管理工作者而言，院地合作是在一个自己过去并不完全熟悉的领域与过去不甚熟悉的人打交道，每一个合作都可看成是一次经济学意义上的交易行为，每一个合同都是合作者博弈的过程。既然是交易，就必然有交易成本，还有交易不能顺利履行甚至违约的风险，这些都是必须考虑的新问题。在这些风险中，既有可控的风险，也有其能力和水平难以控制的风险，更有在市场条件下因合作者恶意行为（如欺骗）所产生的不可估计的风险。地方政府的一些领导人为了造势，场面很大，仪式很多，也可能只是热情或政治上短期的作秀，我们也要付出时间成本。
经济发展程度不同的影响。由于我国经济发展的不平衡，不同地区经济和产业结构的巨大差异，甚至不同地区的人文环境，都直接或间接地影响着院地合作的开展。在经济较落后的地区，如西部，推动经济发展的主要因素是投资（包括吸引外资），发展生产力的主要因素是资金，而不是科技。而在经济较发达的地区，虽然对科技合作的需求增强，但对科技合作的要求也提高，这时常常出现另外一种情况，限于研究所在生产工艺及流程方面（研究所的短板）并不强于企业的研发力量（如华为公司自身的研发力量），也并不强于原工业部门的研究所（如电力系统各省的电力试验研究院，从属于各省电力公司），或企业直接引进国外较先进的生产线，在这样的情况下，研究所很难找到企业迫切需要提升和改进的科技合作的切入点。如在北京、上海和深圳，都很难通过与重要产业的龙头企业进行科技合作，从而对该产业的发展起到支撑和引领的作用。再加上京沪均有大量高校和其他科研力量，因此，在这些区域如何开展有显示度的科技合作将真正考验科研院所的水平和能力。而在经济较发达的另一类地区，如江苏和浙江，随着经济的发展，产生了旺盛的“适可的”（更易对接上的）科技需求，因此，正如现在所显现的那样，中科院广州分院在上述两个省的合作都取得了不俗的成绩。
不同地方政府在管理上的差异。对于政府管理较强、资金也较富裕的地区，主要与政府共建研究单元和技术转移平台；对管理更市场化（市场机制更强）的地方，科技合作应主要以市场上企业和投资资金的需求为牵引。当然，这两类合作是紧密相关、互相推动的，前者搭建的平台为后者提供服务，并向后者辐射技术。不同地区政府管理的特点有所不同，以经济较发达的江苏、浙江和广东三个省为例，差异性明显存在。比如，江苏省政府由于历史上乡镇企业较强，政府一直是推动经济发展的重要力量（在某些地方甚至是主导力量），政府的管理能力也较强，所以政府主导的力量似乎强一些；浙江省由于民营的内源型经济较发达，所以市场的作用似乎更大一些；而广东省则是两者皆较强，即省、市（地级市）两级政府较强，同时在经济活动中市场的力量也较强，由于与香港的紧密联系，受其影响，对市场经济的认识较早，普通民众的市场意识较强。
领先优势。江苏省已在与中科院的科技合作中取得优势，其优势的取得至少和以下几个因素有关：江苏的经济发展水平较高、紧挨上海的地理环境、各级政府的管理水平和执政能力较强、人文环境较好、开展科技合作投入资金的力度和魄力很大、创业环境好等等，在经过多年坚定持续的努力后，江苏在与中科院的合作中已取得领先优势，并产生了积极的“优势效应”。这一效应有两个方面的意义，一方面使江苏省看到科技成果带来的直接效益，吸引了大批专业人才来江苏创业，对招商引资及社会经济全面发展都起到了助推作用；另一方面，在中科院系统内，也产生了有好技术和成果就首先想到去江苏转化，或者率先与江苏企业合作的感召力和吸引力。这一“优势效应”一旦确立，将会产生类似“马太效应”的效果，吸引技术、成果、资金和人才更多地向优势地区聚集。在中科院科技资源（科技成果）有限的约束条件下，面对相近条件省份的竞争，取得合作的“优势效应”，如果是有意而为之，不得不使人佩服江苏省各级政府的科技战略能力，如果是无心插柳柳成荫，则让人不得不赞叹江苏省各级政府的胆略和气魄。
考虑到我国的体制特点，凡重大院地合作项目都以中科院或分院的层面进行顶层设计、在中科院的直接领导下向前推进，如中科院广州分院在广东开展的几个重大合作项目，省市院共建华南植物园、生物院、深圳先进院、散裂中子源等。由高层主导的从顶层设计开始的院地合作，要求合作双方的主要领导能够对合作取得共识、具有战略规划和管理能力，中层有较强的执行能力。这种合作在体现决策的高效率这一优越性的同时，也存在决策的后续执行能力、体制因素造成的领导变动带来的不确定因素的潜在风险，即存在“体制困境”。
当这些重大合作项目布局完成后，随着经济的发展，以及我国管理体制向市场经济的逐步转型，科技合作也将更多地由市场需求所牵引。可以预见，未来在经济发达地区以研究所为主导的合作将逐渐成为院地合作的主要形式。当我国进一步走向市场经济时，市场中“看不见的手”将发挥更大的作用，对院地合作项目（从经济学的角度看都是一次“交易”）起到一定程度的调节作用，最终使得供方和需方总的效果达到最佳。具体来说，由于每个研究所都是独立法人，法人代表是理性的人，那么，由于市场中“看不见的手”的调节作用，各所在院地合作中追求自身效益的最大化，其结果可能就是全院、同时也是全国与中科院合作所获效益的最大化。
1. 进一步凝练院地合作的战略目标，通过与领域内龙头企业或产业群聚集区地方政府的战略合作，发挥中科院对高技术产业发展的支持乃至支撑作用（发达国家企业以先发优势所确立的知识产权战略、技术标准战略、贸易保护主义和全球化以使其处于产业链高端地位，“市场换技术”和跨国公司技术转移、“外溢”也逐渐式微），对我国高技术发展（至少在某一阶段）的引领作用，在战略高技术前沿探索和产业共性关键技术（共性关键技术因其共性性质，造成谁也不想首先付出，却都希望享受技术突破后所带来的好处的“公地悲剧”）的研究方面承担中科院的责任，彰显国立科研机构在产业先导技术的前瞻性研究方面所具有的水平和实力。
2.需求适度超前供给，在院地合作中，以需求为牵引，需求适度超过供给，合作的成效才高。而且，更强调有效需求，避免由我们的体制所带来的地方领导仅仅为了政绩，把科技合作当成了一场显示重视科技、重视人才和落实科学发展观的“秀”，形成有意无意的合作上的“羊群效应”，而未顾及实际效果。中科院的技术和成果的产出是有限的，其供给也就有限，当泡沫化需求强劲时，必然会加剧技术和成果的“通货膨胀”，从而造成技术和成果这一商品的“劣质化”。
3. 院与地方共建的技术转移平台持续发展所面临的三个问题，为了需求相对供给而言适度超前，中科院广州分院在建立技术转移平台时，需要考虑以下三个因素：一是每个技术转移平台都有其最佳取得市场收益的辐射半径，既不使两个或几个平台的辐射半径重合，还要给每一个平台的发展留有足够的空间；二是选择高水平综合性管理人才来经营和运作平台；三是建立有效的机制保证平台的持续发展，就必须解决平台的法人地位及对平台管理者的股权激励。
